Το ενδιαφέρον για τα φυτά στο Βυζάντιο είχε εντελώς πρακτικούς σκοπούς: εκτός από τα καλλωπιστικά, τα φυτά ήταν φάρμακα, τόσο με τη φαρμακευτική όσο και με τη μαγική έννοια του όρου. Πράγματι, στα διδακτικά ποιήματα του Νικάνδρου από την Κολοφώνα τα φυτά εξασφάλιζαν την ίαση από τα επικίνδυνα δαγκώματα των ζώων στα Θηριακά ή έσωζαν τη ζωή από τις τροφικές δηλητηριάσεις στα Αλεξιφάρμακά του. Σε βοτανικά έργα, όπως του πρακτικού βοτανολόγου (ριζοτόμου) Κρατεύα, είχε εισαχθεί η εικονογράφηση των ριζών και των φυλλωμάτων, με σκοπό την αναγνώριση και την ταύτιση φυτών και βοτάνων.

Ένας από τους πιο πολυτελείς κώδικες της βοτανικής της Ύστερης Αρχαιότητας είναι ο ιατρικός κώδικας αρ. 1 της Εθνικής Βιβλιοθήκης της Βιέννης με το έργο Περί ύλης ιατρικής του φαρμακολόγου Διοσκουρίδη. Ο κώδικας αντιγράφηκε και κοσμήθηκε με μικρογραφίες στην Κωνσταντινούπολη γύρω στο 512 με χορηγία της Ιουλιανής, ηγήτορος του ζάπλουτου οίκου των Ανικίων και κόρης του Ολυβρίου, του τελευταίου Ρωμαίου αυτοκράτορα της Δύσης. Στη μικρογραφία της προμετωπίδας του βιβλίου εικονίζεται ο Κρατεύας με την προσωποποίηση της Ευρέσεως, ενώ το κείμενο του Διοσκουρίδη, που περιέχει σειρά βοτάνων ταξινομημένων αλφαβητικά, συμπληρώνεται από πολύστιχο ποίημα άγνωστου συγγραφέα για τις θεραπευτικές ιδιότητες των φυτών και με τις πεζές παραφράσεις των ποιημάτων του Νικάνδρου. Ο κώδικας της Βιέννης, που συγκεφαλαιώνει όλη την παλαιότερη ρωμαϊκή παράδοση, είναι ο σημαντικότερος του είδους και αποτέλεσε πρότυπο για μεσαιωνικά και νεότερα εικονογραφημένα βοτανικά βιβλία.

Με εντολή του αυτοκράτορα Κωνσταντίνου Ζ’ συντάχθηκαν τα Γεωπονικά, συμπίλημα που περιλαμβάνει σύντομα κείμενα που δίνουν πληροφορίες και συμβουλές για τη γεωργία. Τα κεφάλαια της βοτανικής αφορούν στην καλλιέργεια της αμπέλου και την οινοποιία, στις καλλιέργειες της ελιάς και των οπωροφόρων, στα καλλωπιστικά φυτά και τα λαχανικά και στα μέσα καταπολέμησης των επιβλαβών εντόμων, ζωυφίων και ερπετών. Το κείμενο, που βρίθει στοιχείων της καθομιλουμένης του 10ου αιώνα, περιλαμβάνει και συμβουλές σχετικές με τη λαϊκή ιατρική, τη δεισιδαιμονία και τη μαγεία. Για παράδειγμα, στη λαϊκή ιατρική ανήκει η συμβουλή ότι η θηριακή άμπελος αποτελεί αντίδοτο στα δαγκώματα φιδιών και σκύλων· στοιχείο δεισιδαιμονίας είναι η προτροπή ότι ο τρύγος πρέπει να γίνεται όταν η σελήνη βρίσκεται στον αστερισμό του Καρκίνου, του Λέοντος, του Ζυγού, του Σκορπιού, του Αιγόκερω ή του Υδροχόου· μορφή μαγείας φαίνεται η υπόδειξη ότι το αμπέλι για να απαλλαγεί από ζωύφια πρέπει να θυμιατιστεί με τρίχες γυναικείες – το ίδιο θυμιάτισμα, σημειώνει το κείμενο, θεραπεύει και τις γυναίκες που έχουν κάνει αποβολές. Ορισμένες παράγραφοι ως πηγές τους αναφέρουν κείμενα του Ζωροάστρη, γεγονός που υποδηλώνει ότι ο συντάκτης περιέλαβε και περσικά έργα. Την ίδια εποχή, ωστόσο, ελληνικά φαρμακολογικά έργα μεταφράστηκαν στα αραβικά, ενώ ορισμένα βοτανικά λεξικά συγκέντρωσαν ελληνικές-βυζαντινές και αραβικές ονομασίες φυτών και βοτάνων. Από την άλλη πλευρά, τα διαιτολογικά αλφαβητάρια της εποχής πρότειναν κατανάλωση συγκεκριμένων φυτικών και ζωικών τροφών ανά μήνα του έτους, με σκοπό την πρόληψη των ασθενειών και την γενική υγεία. Ο γιατρός και αστρολόγος Συμεών Σηθ αφιέρωσε στον αυτοκράτορα Μιχαήλ Ζ’ Δούκα την πραγματεία Περί τροφών δυνάμεων, που περιλαμβάνει 228 φυτικές και ζωικές τροφές.

Στο ύστερο Βυζάντιο το ενδιαφέρον της βοτανικής εστιάστηκε στα λεξικά και τα έργα με χιουμοριστικό περιεχόμενο. Βοτανικό λεξικό με λήμματα τοποθετημένα σε αλφαβητική σειρά, σύμφωνα με το αρχικό τους γράμμα, συνέταξε το 1353-1354 ο Νεόφυτος, μοναχός στη μονή του αγίου Ιωάννου του Προδρόμου εν τη Πέτρα στην Κωνσταντινούπολη. Επίσης, το ανθολόγιο του Δημητρίου Πεπαγωμένου, επιφανούς γιατρού της πρωτεύουσας κατά την πρώτη πενηνταετία του 15ου αιώνα, περιέλαβε θεραπευτικά φυτά ταξινομημένα αλφαβητικά, ένα για κάθε γράμμα του αλφαβήτου. Ο Μανουήλ Φιλής συνέθεσε με εύθυμη διάθεση τέσσερα ποιήματα, Περί στάχυος, Περί βότρυος, Περί ρόδου και Περί ροιάς (ρόδι), όλα αφιερωμένα στον αυτοκράτορα, ίσως τον Μιχαήλ Θ’· σε όλα ο βασιλέας κατέχει κεντρικό ρόλο, καθώς αφορμώντας από τα φυτά, ο νους του ποιητή ανάγεται στη δυνατότητα του βασιλέως να παράσχει υλικά και πνευματικά αγαθά. Τέλος, ο Πωρικολόγος είναι ένα κατεξοχήν σατιρικό έργο, που θα μπορούσε να τοποθετηθεί στις αρχές του 13ου αιώνα. Το κείμενο έχει τη μορφή των πρακτικών μιας δίκης στο βασίλειο των φυτών. Ο βασιλιάς Κυδώνιος, μαζί με τον λογοθέτη Μήλο, τον πρωτοβεστιάριο Νεράντζι, τον μεγάλο δρουγγάριο Λεμόνι και άλλους επισήμους, δέχεται την καταγγελία της Σταφυλής ότι ορισμένοι άρχοντες συνωμότησαν κατά της εξουσίας του. Στο δικαστήριο που συγκαλείται, μάρτυρες κατηγορίας προσέρχονται η ηγουμένη Ελιά, η οικονόμος του μοναστηριού Φακή, η μοναχή Σταφίδα κ.ά. Την υπεράσπιση της Σταφυλής αναλαμβάνει το Κρεμμύδι, αλλά τελικά αποκαλύπτεται ότι οι κατηγορίες ήταν συκοφαντίες. Η τιμωρία της ενόχου είναι να κρέμεται από στραβό ξύλο, να κόβεται και να πατιέται από τους ανθρώπους· να πίνουν το αίμα της οι άνθρωποι, να λένε λόγια ασυνάρτητα, να μην μπορούν να κρατήσουν την ισορροπία τους και να τους κοροϊδεύουν όλοι. Τα φυτά θαυμάζουν τη σοφία και τη δικαιοσύνη του βασιλιά και του εύχονται ευτυχία και μακροζωία. Παρόλο που σήμερα είναι σχεδόν αδύνατον να καταλάβουμε ποιά είναι τα πρόσωπα που ο συγγραφέας ήθελε να διακωμωδήσει, η γενική θυμηδία δεν κρύβει το ηθικοπλαστικό νόημα του έργου, που δεν είναι άλλο από την καταδίκη του μεθυσιού.